Alrededor del año 1840 Bernardo Philipi quien en ese momento era un joven alemán, llegó a explorar desde Valdivia hasta Osorno y finalmente Chiloé. En esta expedición Bernardo Philipi se informó, a través de los habitantes nativos de la zona que al interior  de lo que hoy conocemos como la región de Los Lagos, se encontraba un gran lago.

La historia de esta ciudad se remonta al año 1850 y hasta 1875 principalmente. En esa época se llevó a cabo la colonización alemana y colonos alemanes que asentaron en el área fueron quienes construyeron el primer puerto ubicado cerca del nacimiento del río Maullín y que fue utilizado come medio para comunicarse comunicarse con Puerto Varas.

Pero desde al siglo XVI existía la idea de invitar a colonos de origen alemán para que vinieran habitar la zona sur de Chile. Debido a que en ese momento de la historia, no se contaba con los medios necesarios para lleva a cabo esta empresa, no fue posible realizar conquistar las en aquel momento agrestes tierras lejanas e inhóspitas regiones del sur por lo tanto, la idea se postergó.

En el año 1848 estalló la Revolución alemana y Bernard Philipi viajó a Alemania en búsqueda de nuevos colonos para reclutar. Inicialmente, y por orden del gobierno de Chile que lo había nombrado Agente de Colonización, iba con la orden de reclutar entre 180 y 200 familias. La tarea de Philipi tuvo éxito en gran medida porque Chile fijó los precios de las tierras destinadas a los colonos para evitar la especulación traer así familias que querían prosperar.

En 1850 Vicente Pérez Rosales es nombrado por el Gobierno como agente de Colonización a, quien de inmediato se lanzó en su difícil tarea. Emprendió excursiones con el objeto de informarse personalmente sobre las condiciones de las tierras disponibles. Mientras tanto, llegaban periódicamente barcos con colonos

Los principales objetivos que el gobierno de Chile quería lograr con la colonización eran: la explotación de los recursos naturales ya que en esta zona eran muy abundantes; incorporar estos territorios efectívamente a la soberanía del pais y con esto evitar la colonización de estos territorios por potencias extranjeras y finalmente traer población de origen europeo a zonas en las que predominaban comunidades indígenas.

Después de muchos esfuerzos, y pese a las adversas condiciones que se presentaron, lograron las primeras familias de colonos alemanes establecerse en las riberas del Lago Llanquihue.

La actual ciudad de Llanquihue reconoce su origen a fin del siglo XIX en los tiempos de la colonización alemana de la zona con el nombre de Desagüe, porque allí se encuentra el nacimiento del río Maullín del lago Llanquihue por el que se produce finalmente el desagüe al océano Pacífico. Se estima que fue fundado en 1852 por colonos alemanes que llegaron a las en tierras que hoy forman parte de la comuna y como pueblo habría surgido a principios de 1894, según consigna Bruno Siebert.

• Puente del ferrocarril en Llanquihue. El día de hoy el ferrocarril se encuentra en desuso y se encuentra justo en el nacimiento del Río Maullín.
• La llegada del ferrocarril en 1907 con la creación de la estación Llanquihue dio un gran impulso a la localidad, que adquirió entonces su actual nombre.

El establecimiento de industrias, comercio, instituciones de enseñanza y culturales y otras actividades han contribuido a dar auge y progreso a la zona del Lago Llanquihue.

En 1968 se crea el Municipio y se desarrollan pujantes plantas agroindustriales que procesan lácteos y otros productos.

Las grandes superficies con abundante vegetación y fuentes de aguas abiertas contribuyeron al desarrollo de la zona, que estuvo asociado principalmente a la agricultura, impulsada por los colonos alemanes. La ciudad ha tenido en su historia un sistemático relleno e impermeabilización de sus humedales.