Por volta do ano de 1840 Bernardo Philipi , que naquela época era um jovem alemão, veio explorar de Valdivia a Osorno e finalmente Chiloé. Nesta expedição Bernardo Philipi foi informado, através dos habitantes nativos da área que dentro do que conhecemos hoje como a região de Los Lagos, havia um grande lago.
A história desta cidade remonta a 1850 e até 1875, principalmente. Naquela época, a colonização alemã foi realizada e os colonos alemães que se estabeleceram na área foram os que construíram o primeiro porto localizado perto da nascente do rio Maullín e que foi usado como meio de se comunicar com Puerto Varas.
Mas desde o século XVI houve a ideia de convidar colonos de origem alemã para vir e habitar a parte sul do Chile. Como naquela época da história, não havia meios para realizar esse empreendimento, não era possível conquistar as terras acidentadas naquela época distantes e inóspitas regiões do sul, portanto, a ideia foi adiada.
Em 1848, a Revolução Alemã eclodiu e Bernard Philipi viajou para a Alemanha em busca de novos colonos para recrutar. Inicialmente, e por ordem do governo do Chile que o havia nomeado Agente de Colonização, ele estava indo com a ordem de recrutar entre 180 e 200 famílias. A tarefa de Philipi foi amplamente bem sucedida porque o Chile estabeleceu os preços das terras destinadas aos colonos para evitar especulações em trazer famílias que queriam prosperar.
Em 1850, Vicente Pérez Rosales foi apontado pelo Governo como agente da Colonização, que imediatamente iniciou sua difícil tarefa. Ele realizou excursões a fim de informar-se pessoalmente sobre as condições da terra disponível. Enquanto isso, navios com colonos chegavam periodicamente.
Os principais objetivos que o governo do Chile queria alcançar com a colonização eram: a exploração dos recursos naturais, uma vez que nessa área eram muito abundantes; incorporar esses territórios efetivamente na soberania do país e, assim, evitar a colonização desses territórios por potências estrangeiras e, finalmente, levar população de origem europeia para áreas onde predominavam as comunidades indígenas.
Depois de muitos esforços, e apesar das condições adversas que surgiram, as primeiras famílias de colonos alemães conseguiram se estabelecer nas margens do Lago Llanquihue.
Por meio de um decreto de 23 de junho de 1853, o Governo ordenou que todo o território ao redor do Lago Llanquihue fosse considerado uma zona de colonização. Com o esforço e a tenacidade desses primeiros colonos, florestas impenetráveis foram transformadas em campos produtivos florescentes.
A atual cidade de Llanquihue reconhece sua origem no final do século XIX nos tempos da colonização alemã da área com o nome de Desagüe, porque há a fonte do rio Maullín do Lago Llanquihue através do qual a drenagem para o Oceano Pacífico finalmente ocorre. Estima-se que foi fundada em 1852 por colonos alemães que chegaram às terras que hoje fazem parte da comuna e como cidade teria surgido no início de 1894, segundo Bruno Siebert.
- Ponte ferroviária em Llanquihue. Hoje a ferrovia está em desuso e está localizada bem na nascente do rio Maullín.
- A chegada da ferrovia em 1907 com a criação da estação llanquihue deu um grande impulso à cidade, que então adquiriu seu nome atual.
A criação de indústrias, comércio, instituições educacionais e culturais e outras atividades contribuíram para o boom e o progresso da área do Lago Llanquihue.
Em 1968 foi criado o Município e desenvolvidas plantas agroindustriais prósperas que processam laticínios e outros produtos.
As grandes áreas com vegetação abundante e fontes de água aberta contribuíram para o desenvolvimento da área, que estava associada principalmente à agricultura, promovida por colonos alemães. A cidade teve em sua história um enchimento sistemático e impermeabilização de suas zonas úmidas.
